Донателло, Микеланджело, Рафаэль и Леонардо – четверка отважных антропоморфных черепашек-ниндзя, созданных благодаря особому мутагену. Победив лидера преступного клана Фут Шреддера, они продолжают охранять покой мирных граждан Нью-Йорка. Но едва справившись с одной бедой, черепашки сталкиваются сразу с двумя сильными противниками. Шреддер возвращается с новым коварным планом – он хочет создать своих мутантов и отомстить черепашкам. Его подручный, ученый Бакстер Стокман, использует для процесса мутации помощников Шреддера – панков Бибопа и Рокстеди, превращая их в человекоподобных носорога и кабана. Другая опасность исходит от появившихся в небе над городом инопланетных кораблей, проникших на Землю через открывшийся портал. Четверке друзей вновь приходят на помощь телерепортер Эйприл О'Нил и ее оператор Верн. На сторону черепашек встает другой борец с преступным миром – Кейси Джонс. Объединившись, разношерстная компания готова защитить город от врагов.